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通過混合潛在空間建模無監督學習結構連接組中的採集變異性

研究提出了一種無監督框架,通過架構退火技術移除手動容量調整,使模型能夠自適應平衡離散和連續潛在變量,從而有效分離dMRI結構連接組中的採集相關變異與生物學變異。在包含7,416個結構連接組(涵蓋2-102歲、13項研究、25種採集參數組合)的數據集上評估,架構退火方法在站點學習方面優於標準VAE、PCA及僅通過損失函數退火的混合模型(ARI=0.53,p<0.05)。

來源arXiv Machine Learning作者: Gaurav Rudravaram, Lianrui Zuo, Karthik Ramadass, Elyssa McMaster, Jongyeon Yoon, Aravind R. Krishnan, Adam M. Saunders, Chenyu Gao, Nancy R. Newlin, Praitayini Kanakaraj, Lori L. Beason Held, Murat Bilgel, Laura A. Barquero, Micah DArchangel, Tin Q. Nguyen, Laurie B. Cutting, Derek Archer, Timothy J. Hohman, Daniel C. Moyer, Bennett A. Landman

擴散磁共振成像(dMRI)的結構連接組分析在多中心研究中面臨一個關鍵挑戰:不同站點、掃描儀和採集協議引入的變異性往往與生物學變異(如年齡、疾病)混雜在一起,嚴重影響後續分析的可靠性。傳統降維方法(如PCA)將所有變異視為連續變量,導致採集效應被吸收到連續潛在空間中,難以分離。近年來,混合潛在空間模型(如VAE的變體)通過結合離散和連續組件來建模類別結構和連續變化,但通常需要手動調整離散組件的容量,以確保其捕獲預期的採集相關變異,這一過程既繁瑣又主觀。

來自多機構的研究團隊提出了一種名為Joint-VAE的無監督框架,通過架構退火(architectural annealing)技巧徹底消除了手動容量調整的需要。該方法在解碼前對編碼器輸出進行架構退火,使得模型在訓練過程中能夠自適應地平衡離散和連續潛在變量,無需任何人工干預。具體來説,Joint-VAE在編碼器之後、解碼器之前插入一個可學習的退火機制,動態調節離散和連續路徑的權重,從而讓模型自主決定將哪些變異歸因於離散的採集類別,哪些歸因於連續的生物因素。

為了嚴格評估該方法的有效性,研究者精心整理了一個大規模數據集,包含來自13項研究的7,416個dMRI結構連接組,覆蓋年齡範圍2至102歲,涉及25種獨特的採集參數組合。其中5,900個樣本來自認知正常個體,877個為輕度認知障礙(MCI),639個為阿爾茨海默病(AD)。研究將Joint-VAE與標準VAE、PCA結合k-means聚類、以及僅通過損失函數退火的混合模型進行對比。結果以調整蘭德指數(ARI)為指標,架構退火方法在站點學習任務上取得ARI=0.53(p<0.05),顯著優於所有基線方法。

這一成果表明,通過聯合建模平滑結構和分類結構,Joint-VAE能夠無監督地恢復與掃描儀和協議差異高度對齊的聚類,同時保留年齡、疾病等連續生物變量的信息。該框架為dMRI數據分析中採集變異的自動化處理提供了全新思路,有望廣泛應用於多中心神經影像研究,提升連接組學分析的可靠性和可重複性。