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使用ChEMBL、RDKit、SHAP和BRICS構建基於骨架分割隨機森林QSAR的EGFR抑制劑發現AI合作科學家

本教程介紹如何構建一個端到端的自主AI合作科學家工作流程,用於發現針對非小細胞肺癌中C797S奧希替尼耐藥突變的新一代EGFR抑制劑。流程包括通過ChEMBL和UniProt解析靶點、挖掘IC50數據並轉換為pIC50數據集、使用RDKit標準化分子、計算摩根指紋、訓練基於骨架分割的隨機森林QSAR模型、使用SHAP解釋活性驅動因素,以及通過BRICS片段重組生成並篩選新型候選分子。

來源MarkTechPost作者: Sana Hassan
使用ChEMBL、RDKit、SHAP和BRICS構建基於骨架分割隨機森林QSAR的EGFR抑制劑發現AI合作科學家
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文章情報

工程師進階

要點

  • 構建了一個從靶點解析到候選分子生成的完整AI工作流程。
  • 使用ChEMBL和UniProt獲取EGFR C797S相關的生物活性數據。
  • 基於骨架分割訓練隨機森林QSAR模型,確保對新穎化學類型的泛化能力。
  • 通過BRICS片段重組生成新型藥物類似物,並評估其活性、類藥性、可合成性和新穎性。

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