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輝達BioNeMo Agent Toolkit助力生命科學研究人員,與Claude Science整合加速AI應用

輝達釋出了BioNeMo Agent Toolkit,與Anthropic的Claude Science整合,使科學家能透過自然語言與AI代理互動,加速藥物發現、基因組學等生命科學研究。該工具包整合了輝達的加速模型、庫和微服務,包括Parabricks、RAPIDS-singlecell和nvMolKit,顯著提升計算速度。全球前20大藥企中有18家使用輝達BioNeMo。Claude Science現已進入公開測試。

來源NVIDIA Blog作者: Anthony Costa

生命科學已經進入計算規模的時代。十多年來,輝達構建了完整的GPU加速計算堆疊,涵蓋硬體、框架、庫、模型、微服務和領域特定工具,幫助研究人員執行更復雜的工作流並更快迭代。本週,Anthropic推出了Claude Science,這是一個面向科學研究的人工智慧工作臺,允許科學家透過自然語言與代理對話,端到端地執行研究工作。

Claude Science整合了輝達BioNeMo Agent Toolkit,作為科學家可以在其工作流中訪問的資源。該工具包將輝達加速能力打包為可呼叫的技能,使Claude Science能夠選擇合適的工具、準備有效輸入並執行工作流——同時連線部署在任何地方的輝達計算資源。這將輝達的加速模型、庫和NIM微服務直接帶入與其餘研究相同的環境。

全球最大的製藥公司正在利用輝達技術推進藥物發現、基因組學、醫學影像、分子設計和蛋白質工程等領域的AI驅動研究。如今,全球前20大製藥公司中有18家使用輝達BioNeMo,突顯了其在生態系統中的廣泛作用。

推動科學發現的代理時代

Claude Science讓科學家使用自然語言將研究從意圖轉化為行動,無需手動配置模型、端點或軟體環境。輝達BioNeMo Agent Toolkit透過提供對加速工作流和模型(如Evo 2、Boltz-2和OpenFold3)的訪問,使受益於加速的分析執行得更快。

科學家首先用自然語言描述一個研究任務,例如分析基因組序列、預測蛋白質結構或設計潛在結合物。Claude Science解釋請求,並透過預配置的領域專業代理來編排工作,這些代理瞭解基因組學、蛋白質組學、單細胞分析、化學資訊學和臨床研究中的既定工作流。

BioNeMo Agent Toolkit為這些代理提供了必要的上下文,將每個步驟與適當的輝達科學能力連線起來。每個技能包括其用途和所需輸入的資訊,幫助代理準備並執行工作流,然後返回輸出供審查。

結果是一個科學推理與加速計算工作之間的迭代迴圈。科學家可以檢查輸出、完善問題並確定下一步,同時專注於科學本身。

一個有力的例子是生成針對常見癌症靶點的更好抑制劑。在這個工作流中,科學家從已知的致癌抗原突變開始,要求Claude設計大量潛在抑制劑。與BioNeMo Agent Toolkit和輝達NIM微服務整合的Claude Science加速了高通量抑制劑預測、最佳化和驗證。

為代理構建的科學基礎

AI代理進行推理、規劃並使用工具完成任務。在生命科學中,這些工具通常是專門的計算工作流。

一個自主的AI科學家代理並非孤立地推理。它可能需要指紋識別化合物庫、聚類有希望的命中物、為頂級候選物生成構象、分析基因組背景並比較擾動響應,然後推薦下一個實驗。

每一步都依賴於一個科學工具,代理的執行速度只能與這些工具的速度相當。

輝達BioNeMo Agent Toolkit為科學代理提供了以科學速度執行所需的加速工具。它包括:

  • 輝達Parabricks將基因組分析從幾小時縮短到幾分鐘,使代理能夠近乎即時地將基因組背景整合到決策中。
  • 由scverse開發的RAPIDS-singlecell將130萬細胞的預處理和聚類工作流從52分鐘壓縮到25秒,使單細胞分析成為推理迴圈的一部分,而不是離線批次任務。
  • nvMolKit將化學資訊學操作(如相似性搜尋和構象生成)加速高達3000倍,使代理在巨大的化學空間中迭代時以思維速度獲得結果。
  • 輝達BioNeMo開放模型提供由輝達庫加速的核心生物分子能力,使代理在工作流的每一步都擁有專門構建的科學模型。
  • BioNeMo NIM微服務將這些模型打包為企業級推理端點——容器化微服務,預整合並調優完整的加速軟體堆疊,用於高效能推理——使代理能夠為生產部署呼叫單個穩定的應用程式介面。

輝達BioNeMo Agent Toolkit是開放的且與框架無關,允許相同的科學技能跨代理框架和研究平臺工作。該工具包及其技能現已透過輝達開發者資源和GitHub提供。

科學家可以透過Anthropic的Claude Science訪問BioNeMo驅動的工作流,該服務現已進入公開測試階段。作為公開測試的一部分,Anthropic邀請研究人員提供關於他們需要的額外領域專家和整合的反饋。