Anthropic、Claude Scienceベータ版を公開：再現可能なゲノミクス、プロテオミクス、ケモインフォマティクスパイプラインのためのマルチエージェントAIワークベンチ

今週、AnthropicはClaude Scienceを発表しました。これは科学者向けのアプリケーションで、ベータ版として提供されています。このアプリはAnthropicの既存のClaudeモデル上で動作し、新しいモデルではありません。データベース、ノートブック、クラスタ端末を扱う研究者を対象としており、多段階の研究を実行し、各結果の生成方法を記録します。ベータ版はPro、Max、Team、Enterpriseプランで利用可能です。

Claude Scienceは、昨年秋のAnthropicのライフサイエンスに関する取り組みに基づいています。その初期の取り組みでは、MCPとスキルを通じてClaudeを科学エコシステムに接続しました。

Claude Scienceとは？

Claude Scienceは研究のためのAIワークベンチです。研究者が最もよく使うツールやパッケージを統合しています。文献の分析、多段階の研究の実行、詳細なアーティファクトの生成が可能です。図や原稿を洗練させ、出版可能な状態にまで仕上げることができます。

ユーザーは自然言語で1つの汎用コーディネートエージェントと対話します。このエージェントは60以上の厳選されたスキルとコネクタにアクセスできます。これらはゲノミクス、シングルセル、プロテオミクス、構造生物学、ケモインフォマティクス用に事前設定されています。

macOSまたはLinux上でローカルに実行することも、SSH経由のリモートマシンやHPCログインノード上で作業することもできます。すべての出力には、その生成方法の監査可能な履歴が付属します。

マルチエージェントアーキテクチャの仕組み

汎用コーディネートエージェントがユーザーの自然言語リクエストを受け取り、作業を処理するために他のエージェントを起動できます。また、ユーザー自身が作成したスペシャリストエージェントを利用することもできます。NVIDIAはこれらを事前設定されたドメイン特化型エージェントと説明しており、各エージェントはその分野の確立されたワークフローを理解しています。

独立したレビューエージェントがパイプラインの実行中に動作し、出力を段階的に検査します。誤った引用や追跡できない数値をフラグ付けし、基礎となるコードと一致しない図もフラグ付けします。その後、自己修正を行います。

再現性と来歴

科学研究は本質的に視覚的です。そのため、Claude Scienceは図や原稿を、それらを作成したコードとともに生成します。3Dタンパク質構造、ゲノムブラウザトラック、化学構造などをネイティブにレンダリングします。

図を生成する際、正確なコードと環境、自然言語による説明、完全なメッセージ履歴を記録します。これにより、数ヶ月後でも検証と再現が容易になります。

図は自然言語で編集できます。例えば、軸を対数スケールに変更するように依頼できます。エージェントは自身のコードを編集します。また、セッションをフォークして2つのアプローチを比較することもでき、元のデータは失われません。

必要に応じてスケールする計算

大規模な分析は、しばしばラップトップ以上のリソースを必要とします（例：タンパク質のフォールディング）。Claude Scienceは新しいリソースにアクセスする前に計画を作成し、承認を求め、ユーザーが決定を確認または取り消せるようにします。その後、ジョブを作成し、ユーザー自身のインフラストラクチャに送信します。

つまり、SSH経由のHPCクラスタやModalアカウントです。分析は単一のGPUから数百のGPUまで必要に応じてスケールします。エージェントはコンテキストをメモリに保持するため、大規模なデータセットは一度だけロードされます。

アプリはラボ自身のインフラ上で実行されるため、大規模または機密性の高いデータセットを現在のシステムから移動させる必要はありません。各ステップに必要なコンテキストのみがClaudeに送信されます。

ドメインカバレッジとNVIDIA BioNeMo

科学的知識は何百もの専門的な情報源に分散しています。生物学では、UniProt、PDB、Ensembl、Reactome、ClinVar、ChEMBL、GEO、ジャーナル、プレプリントサーバーなどが含まれます。スペシャリストエージェントはこれらの情報源を照会し、統合します。

Claude ScienceはNVIDIAのBioNeMo Agent Toolkitのスキルも利用します。このツールキットはGPUアクセラレーション機能を呼び出し可能なスキルとしてパッケージ化し、Evo 2、Boltz-2、OpenFold3にネイティブ接続します。Evo 2はゲノミクス基盤モデル、Boltz-2は生体分子相互作用予測、OpenFold3はタンパク質構造予測を扱います。

使用例

ベータユーザーは、シングルセルRNAシーケンシング解析、CRISPRスクリーン設計、タンパク質構造予測、ケモインフォマティクスを実行しています。

ターゲット選定：Manifold Bioは組織標的薬を設計しており、Claude Scienceを使用して最新の実験のターゲットを選定しました。各組織とターゲットについて、アプリは表面発現、輸送、安全性を評価し、Manifold独自の基準に従って候補をランク付けしました。Manifoldによると、アプリはエンドツーエンドでこれを実行し、一般的なコーディングアシスタントとは異なります。

長文文献レビュー：Allen InstituteのJérôme Lecoqは、約20のカスタムスキルからなる計算レビューテンプレートを作成しました。サブエージェントが数千の論文を証拠状態データベースに読み込み、パイプラインがアクタークリティックエージェントペアを使用して各セクションを執筆しました。このようなレビューは以前はチームで最大2年かかっていましたが、現在は10件以上のレビュー（多くが100ページ超）を抱えています。

ゲノム疫学：UCSFのStephen Francisは神経膠腫の分子疫学を研究しています。Claude Scienceは、以前の約10分の1の時間で生殖細胞系列のワークアップを実行し、彼のグループは結果を独立して検証しました。

Claude Scienceの拡張

Claude Scienceはアプリであり、独立した推論APIはありません。コネクタとスキルを通じて拡張し、これらはセッション間で永続化されます。

ラボツールはModel Context Protocol（MCP）コネクタを介して接続します。標準のMCPクライアント設定形式を使用します。既存のパイプラインは再利用可能なスキルとして保存できます。スキルはSKILL.mdファイルを含むフォルダです。将来のセッションはこれらのコネクタとスキルを自動的に継承します。

主なポイント

Claude ScienceはmacOSおよびLinux向けのベータ版アプリであり、Anthropicの既存のClaudeモデル上で動作します。コーディネートエージェントが作業を委任し、独立したレビューエージェントが引用、数値、図をチェックします。すべての図には正確なコード、環境、説明、完全なメッセージ履歴が付属します。計算はローカル、SSH経由のHPC、またはModal上で実行され、1GPUから数百GPUまでスケールします。60以上のデータベースとNVIDIA BioNeMoスキル（Evo 2、Boltz-2、OpenFold3）がライフサイエンス向けに同梱されています。