AIは数秒で医薬品を設計できるが、有効かどうかはまだわからない
Isomorphic LabsがIsoDDEを発表し、計算性能が劇的に向上したが、AIが発見した医薬品でFDA承認を得たものはまだない。製薬企業は熱意を示す一方で支払いは慎重であり、第II相試験が有効性の鍵となる障壁である。競合他社も進展しており、Isomorphicは計算上の優位性を臨床的証拠に変換する必要がある。
AIによって発見された医薬品でFDAの承認を得たものはこれまでにない。この一文は、Alphabetの創薬関連子会社に関するあらゆる見出しとともに不快な重みを持つべきである。
2月10日、計算薬物設計に特化したGoogle DeepMindのスピンオフであるIsomorphic Labsは、IsoDDE（Drug Design Engine）を発表した。これはモデルでもAlphaFoldのアップグレードでもない。IsoDDEは、タンパク質構造予測、リガンド結合、親和性推定、結合ポケット同定を連携して実行する統合型インシリコ創薬システムであり、従来は物理ベースのシミュレーションに数日かかっていたことを数秒で生成する。最も困難な分子予測タスクである、未知のタンパク質への一般化をテストする「Runs N' Poses」ベンチマークでは、IsoDDEの成功率は50%に達し、AlphaFold 3の約23%を上回る。抗体-抗原モデリングでは、AlphaFold 3を2.3倍、オープンソースのBoltz-2を19.8倍上回る。結合親和性予測では、Pearson相関係数0.85を達成し、物理ベースのゴールドスタンダードFEP+（0.78）を凌駕する。 これらの改善は、創薬における計算上のボトルネックがもはや結合問題ではないと見なすに足る大きさである。
製薬業界の見解
Isomorphicは、イーライリリー、ノバルティス、ジョンソン・エンド・ジョンソンとの提携を結んでおり、潜在的な価値は合計40億ドル以上にのぼる。しかし構造を見ると、リリーは前金4500万ドルに対しマイルストン最大17億ドル、ノバルティスは前金3750万ドルに対しマイルストン最大12億ドルである。前金とマイルストンの比率は約1:50であり、これは2025年のAI創薬取引では標準的だ。製薬企業は契約には熱心だが、実際の支払いは慎重で、経済的報酬のほぼ全てがまだ存在しない臨床結果に依存している。前金は研究資金を賄い、マイルストン支払いは薬が失敗しても製薬企業がほとんど損失を被らないように構造化されている。ロイヤルティは薬がブロックバスター級に達した場合にのみ意味を持ち、AIが設計した分子でこれが起こったことはない。
2025年2月、ノバルティスは提携を拡大し、プログラム数を6つに倍増、「特に困難」でかつてはドラッガブルでなかったとされる標的に取り組むことになった。財務条件は同じである。これは内部の結果がノバルティスの科学者を十分に感動させ、より多くの標的を委託する決断を促したことを示すポジティブなシグナルだ。J&Jとの提携は2026年1月に発表され、小分子、抗体、ペプチド、分子糊にまで及ぶ。しかし「提携拡大」と「承認薬」の間には、ビジネスにおける最も容赦ないフィルターである人間の生物学が依然として横たわっている。
第II相の壁
AI創薬に関するほとんどの論評は早すぎる段階で止まっている。Jayatungaら（2024）は、臨床試験中のAI発見医薬品を初めて体系的に分析し、AI発見分子の第I相試験成功率が80-90%と、過去の平均40-65%を大幅に上回ることを示した。AIは安全で薬物動態特性が良好な分子の設計に優れており、吸収、分布、代謝、排泄が期待通りに進む。第I相は主に安全性に関するものであり、AIはそれを通過する。 しかし第II相は有効性に関するものだ。その薬は実際に疾患を治療するのか？ここでの数字は厳しい。AI発見医薬品の第II相成功率は約40%であり、従来の創薬とほぼ同じである。AIはまだ、分子が患者に有効かどうかを予測できることを示しておらず、分子が患者に忍容性があるかどうかの予測にとどまっている。 両方の傾向が続けば、最終的な成功率は過去の5-10%から9-18%程度に上昇する可能性がある。これは研究開発の生産性をほぼ倍増させることになり、1兆ドル規模の業界では莫大な価値を持つ。マッキンゼーは、生成AIが医薬品と医療製品にもたらす経済価値は年間600〜1100億ドルと推定している。しかし、生成AIが創薬を「解決する」というナラティブからはほど遠い。薬剤開発をいくらか安く、速くするだけだ。改善であって革命ではない。
反論として（それも合理的ではあるが）、IsoDDEは有効性問題を打破しうる質的飛躍を表すというものがある。誘導適合（タンパク質が薬剤に合わせて形状を変える）や隠れた結合ポケット（実験者が発見に15年かけたセレブロン部位など）をモデル化する能力は、以前のAIシステムが完全に見逃していた生物学的ダイナミクスを捉えていることを意味する。より優れた構造理解が有効性予測の向上につながれば、第II相の壁は最終的に崩れるかもしれない。 私はこれはもっともらしいが証明されていないと考える。Isomorphicの最初の候補薬が試験に入る2026年後半には、より多くのことが分かるだろう。
Isomorphicの競合上の位置づけ
Isomorphicの競争上の地位は異例である。計算ベンチマークではトップだが、臨床開発では後れを取っている。Insilico Medicineは最も進んだ臨床ポートフォリオを有しており、そのIPF治療薬ISM001-055（現在はrentosertib）は第IIa相に進み、2025年6月にNature Medicineで肯定的な結果が発表された。Insilicoは31のプログラムで10以上のIND承認を得ている。Recursion PharmaceuticalsはExscientiaを6億8800万ドルの合併で吸収し、まったく異なるアプローチを取っている。毎週65ペタバイトの生物学的イメージングデータ上で数百万の表現型実験を実行している。両社ともIsomorphicが欠いているウェットラボのインフラを所有している。 Isomorphicが持つもの：AlphaFoldの系譜、Alphabet規模の計算資源、それぞれの予測タスクが互いに情報を提供し合う統一アーキテクチャ。人材面では、同社はうまくやっているようで、Glassdoorで4.7/5、CEO支持率100%である。2025年6月には、以前Relay TherapeuticsでAyvakitとGavretoのFDA承認経験を持つベン・ウルフ博士を最高医学責任者として採用した。マサチューセッツ州ケンブリッジにオフィスを開設した。これらは論文を発表するだけでなく、臨床の現実に備えて人員を増強する企業の動きである。
オープンソースの脅威は現実的だが、短期的には管理可能である。Chai Discovery（OpenAIの支援を受け評価額13億ドル、現在リリーと生物製剤で提携）とBoltz（ファイザーと提携）はいずれも進展している。しかしIsoDDEの数値と最良のオープンソース代替品との差は十分に大きく、Isomorphicには同分野が追いつく前に計算上の優位性を臨床的証拠に変換する時間（おそらく18〜24か月）がある。
Alphabetの非対称的な立場
Alphabetにとって、Isomorphicは切り捨て可能な小さな賭けだが、フランチャイズになる可能性もある。Other Bets部門は2025年に36億ドルの営業損失を計上した。Alphabetの純利益は1320億ドルであった。2025年3月にThrive Capitalが主導した6億ドルの資金調達ラウンドは、同社が臨床への移行の緊急性を理解していることを示唆するが、Alphabetは基礎科学が成熟するまでこの賭けを無期限に維持でき、その忍耐力自体がほとんどのバイオテックスタートアップにはない競争上の優位性である。しかし、より優れた計算はより優れた医薬品につながるのか？IsoDDEのベンチマークは、AIがこの解像度で分子間相互作用をモデル化できる最良の証拠である。しかしDemis Hassabis自身が述べているように、「AlphaFoldだけでは創薬問題を決して解決できないことは分かっている。あと6つ、同じ規模のブレークスルーが必要だ。」IsoDDEはそのうちの1つかもしれない。臨床データが到着したとき、それが重要な種類のブレークスルーであるかどうかが明らかになるだろう。