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AdaGraph:一種克服維度詛咒並實現科學發現的圖原生聚類演算法

文章摘要

AdaGraph是一種基於圖原生的聚類演算法,源自結構中心機器學習(SC-ML)正規化。它透過k近鄰圖拓撲結構替代歐幾里得距離度量,從根本上解決了高維資料中的維度詛咒問題。該演算法無需預先指定聚類數量k,能原生處理噪聲,並透過SLCD框架實現擴充套件。在10個合成基準測試(維度從10到5000)中,其配套的Graph-SCOPE指標平均ARI達0.900,在9/10資料集上正確選擇k,優於傳統指標。在肝細胞癌基因共表達、文本聚類和材料科學三個科學領域均取得了顯著成果。

來源arXiv Machine Learning作者: Ahmed Elmahdi
AdaGraph:一種克服維度詛咒並實現科學發現的圖原生聚類演算法
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一種名為AdaGraph的新型聚類演算法近日由研究人員提出,該演算法基於結構中心機器學習(SC-ML)正規化,完全在圖拓撲結構內執行,旨在克服傳統距離度量在高維空間中的失效問題。論文於2026年5月5日提交至arXiv,並計劃投稿至KDD 2027。

AdaGraph的核心創新在於用k近鄰(kNN)圖拓撲取代歐幾里得距離。在高維資料中,距離度量往往變得均勻且無資訊,而kNN圖保留了資料點間的相對鄰近關係,使得聚類在高維下依然有效。演算法無需使用者預先指定聚類數量k,能夠自動識別簇的數目,並原生地識別和處理噪聲點。此外,透過SLCD(取樣-學習-校準-部署)框架,AdaGraph具備了良好的擴充套件性,可應用於大規模資料集。

為了進行無監督調優,AdaGraph與Graph-SCOPE指標配對使用,後者是SC-ML領域提出的另一個基於拓撲的聚類有效性指數。在10個合成資料集(維度覆蓋10至5000)上的測試中,Graph-SCOPE的平均調整蘭德指數(ARI)達到0.900,並在9個資料集上正確選出了最優聚類數量k,明顯優於Silhouette、Davies-Bouldin和Calinski-Harabasz等傳統指標。Graph-SCOPE的Kendall tau與真實聚類質量的相關性超過0.92,而Silhouette僅為0.46左右。

研究人員在三個科學領域驗證了AdaGraph的實際效能。在生物資訊學中,針對肝細胞癌的基因共表達分析(GSE14520資料集,包含10,000個基因和488名患者),AdaGraph在不進行降維的情況下識別出了條件特異性基因模組,而這些模組是WGCNA、ICA、NMF和Spectral Biclustering等方法無法分辨的。在自然語言處理領域,對20NG-6cat資料集進行文本聚類時,AdaGraph取得了0.751的ARI,相比之下HDBSCAN僅為0.464,相對提升幅度達62%。在材料科學中,對超導體(145維Magpie特徵)、鈣鈦礦和JARVIS-DFT材料的聚類測試中,AdaGraph在所有三個資料集上均獲得了最高的Graph-SCOPE分數。

這些結果表明,AdaGraph透過圖原生方法有效解決了維度詛咒問題,為高維資料聚類提供了強大工具,並在多個科學領域展現出推動發現的能力。論文包含12頁、4張圖和1張表格,目前尚為完整版本的前期準備工作。

展開要點與分析

文章情報

研究者進階

要點

  • AdaGraph採用圖原生方法,利用kNN圖拓撲結構進行聚類,避免了維度詛咒。
  • 無需預先指定聚類數量k,能原生處理噪聲,並透過SLCD框架實現可擴充套件性。
  • 在10個合成基準測試中,Graph-SCOPE指標顯著優於Silhouette、Davies-Bouldin和Calinski-Harabasz。
  • 在基因共表達、文本聚類和材料科學領域展示了超越現有方法的效能。

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